1975 begann er seinen Dienst als Lehrer an der damaligen Hospitalschule (Wingertschule) in St. Wendel. Nach der Konrektorenzeit in Freisen wurde Klees 1999 Schulleiter der damals noch selbständigen Grundschule Wolfersweiler. Seit 2005 leitete er die im Zuge der Grundschulreform gegründete Grundschule der Gemeinde Nohfelden mit den heutigen Schulstandorten Gonnesweiler und Sötern.

Beim Festakt zu seiner Verabschiedung würdigte Regierungs-Schulrätin Christiane Thewes seine pädagogische Weitsicht und sein fachliches Vermögen, das er immer wieder unter Beweis gestellt hat. Ebenso wurde von ihr seine Fähigkeit, Schule zu gestalten und kollegial zu leiten, herausgestellt. Bürgermeister Andreas Veit lobte die ausgezeichnete Zusammenarbeit mit Lothar Klees. Sie war geprägt von hoher Verantwortung und dem Bemühen, die Schule weiter zu entwickeln. Klees betonte in seiner Abschiedsrede, dass er trotz der arbeits- und zeitintensiven Tätigkeit als Schulleiter gerne in seinem Beruf tätig war und dass er die vielen erfreulichen und aufbauenden Momente in guter Erinnerung behalten werde. Der Konrektor, Volker Morbe, wird bis auf weiteres die Schulleitung der Grundschule Nohfelden führen.