Klaus Toppmöller war von Juli 1999 bis November 2000 Trainer des 1. FC Saarbrücken. Unter ihm gelang im Jahr 2000 der Aufstieg in die 2. Liga. Nach einer 2:8-Niederlage beim SSV Reutlingen war für Toppmöller beim FCS Schluss. Funfact: Auch Toppmöllers Sohn Dino, heutiger Co-Trainer von Julian Nagelsmann bei Bayern München, stand damals beim FCS unter Vertrag – als Stürmer.

Der bisherige Co-Trainer Werner Melzer übernahm nach der Entlassung von Klaus Toppmöller im November 2000 für ein Zweitligaspiel als Interimslösung den Trainerposten beim FCS. Im Dezember gab es unter Melzer in der 2. Liga einen 1:0-Heimsieg gegen die Stuttgarter Kickers.

Thomas von Heesen trat im Dezember 2000 seinen Dienst beim Zweitligisten 1. FC Saarbrücken an. Zum Saisonende 2000/01 belegte der FCS unter ihm Platz acht in der 2. Liga. Nach vier Niederlagen am Stück zum Saisonauftakt 2001/02 musste von Heesen jedoch im August 2001 gehen.

Heribert Weber nahm im August 2001 bei den Blau-Schwarzen auf der Trainerbank Platz. Doch auch der frühere österreichische Nationalspieler konnte den Negativtrend beim FCS nicht stoppen. Der FCS war nach 18 Spieltagen das abgeschlagene Tabellenschlusslicht der 2. Liga. Im Januar 2002 wurde Weber schließlich gefeuert.

Im Januar 2002 stieg Tom Dooley, früherer Bundesligaspieler des FC Homburg und US-Nationalspieler, als Trainer beim FCS ein. Er war bereits der dritte Trainer des FCS in der laufenden Saison. Auch der Amerikaner konnte den Abstieg der Malstatter aus der 2. Liga jedoch nicht verhindern. Im Juni 2002 war Dooleys Engagement bereits wieder beendet.

Nach dem Zweitligaabstieg wurde Horst Ehrmantraut im Juli 2002 neuer Trainer beim FCS. In der damaligen Regionalliga Süd belegte er mit den Blau-Schwarzen am Ende der Saison 2002/03 Platz sechs und verpasste damit den direkten Wiederaufstieg. In der folgenden Regionalligasaison musste Ehrmantraut nach einer 0:3-Heimniederlage gegen die zweite Mannschaft von Mainz 05 im November 2003 den FCS verlassen.

Für eine Regionalligapartie übernahm im November 2003 Ehrmantrauts bisheriger Co-Trainer Stanislav Levy den Trainerposten beim FCS als Interimslösung. Beim SV Wehen Wiesbaden holte der FCS ein 1:1.

FCS-Spielerlegende Eugen Hach trat im November 2003 die Nachfolge von Horst Ehrmantraut und Interimslösung Stanislav Levy als Coach des Regionalligisten an. Nach einer 0:3-Niederlage am 27. Spieltag beim FC Augsburg drohte dem FCS erneut, die Rückkehr in die 2. Liga zu verpassen. Hach musste im April 2004 seine Sachen packen. Seit Dezember 2016 ist Hach zurück beim FCS – als Aufsichtsratsmitglied.

Im April 2004 kehrte der zur Mitte der Saison geschasste Horst Ehrmantraut auf die Trainerbank des FCS zurück und schaffte mit den Blau-Schwarzen den Aufstieg in die 2. Liga. In der Zweitliga-Saison 2004/05 konnte der FCS unter Ehrmantraut die Klasse halten (Rang zwölf). Nach einem Fehlstart mit zwei Niederlagen in der 2. Liga und einem knappen Weiterkommen im DFB-Pokal gegen den damaligen Bayernligisten FC Ingolstadt wurde Ehrmanntraut im August 2005 erneut entlassen.

Als Interimslösung präsentierte der FCS im August 2005 den bisherigen Trainer der FCS-Amateure, Fritz Fuchs. Er hatte bereits in der Zweitligasaison 1993/94 die Profis des FCS trainiert. Nach einem 0:3 im Zweitligaheimspiel gegen die Sportfreunde Siegen im August 2005 ging es für ihn jedoch wieder zurück zur Reservemannschaft.

Im August 2005 wurde Rudi Bommer als neuer FCS-Trainer verpflichtet. Bommer sollte das Tabellenschlusslicht der 2. Liga aus der Abstiegszone führen, was nicht gelang. Im Mai 2006 musste Bommer nach einer 0:4-Heimniederlage gegen Kickers Offenbach gehen.

Als Interimslösung sprang im Mai 2006 erneut ein Co-Trainer ein: Bommers bisheriger Assistent Didier Philippe saß für die letzten beiden Zweitligapartien der Saison auf der Bank. Bei 1860 München gab es eine 0:1-Niederlage und im bisher letzten Zweitligaspiel des FCS gegen Eintracht Braunschweig einen 2:0-Heimerfolg.

Im Juli 2006 trat Michael Henke, langjähriger Assistent von Trainer Ottmar Hitzfeld bei Bayern München, den Dienst beim 1. FC Saarbrücken an. Der FCS zog zwar nach einem Heimsieg gegen Jürgen Klopps Mainz 05 in die 2. Runde des DFB-Pokals ein, doch nach einem 1:1 im Oktober 2006 in der damaligen Regionalliga Süd gegen die SV Elversberg und Rang 13 nach 13 Spieltagen war Schluss für Henke auf dem Trainerposten. Bis Ende Januar 2007 nahm Henke die Rolle des Sportdirektors beim FCS ein. Nach Vertragsauflösung wurde er erneut Co-Trainer unter Hitzfeld bei Bayern München.

Im November 2006 rückte wieder Didier Philippe von der Rolle des Co-Trainers auf den Chefposten. Unter ihm verpasste der FCS die Qualifikation für die neu gegründete 3. Liga. Durch die Ligareform stieg der FCS im Juni 2007 in die damals viertklassige Oberliga Südwest ab. Philippe wurde anschließend Scout beim FCS.

Michael Krüger betreute ab Juli 2007 den Viertligisten 1. FC Saarbrücken. Auf Rang vier nach 19 Spieltagen in der Oberliga Südwest verließ Krüger im Januar 2008 überraschend den FCS für ein Trainerangebot im Sudan.

Als Krügers Nachfolger rückte im Januar 2008 der bisherige Trainer der Reservemannschaft und Assistent von Henke und Philippe, Alfred Kaminski, nach. Doch Kaminskis Team belegte zum Ende der Saison nur Rang fünf, was nach der Ligareform den Abstieg in die Fünftklassigkeit bedeutete – sportlich der absolute Tiefpunkt der FCS-Vereinsgeschichte. Kaminski wechselte im Juli 2008 als Sportlicher Leiter zur SV Elversberg.

Im Juni 2008 wurde Vereinslegende Dieter Ferner Trainer des Fünftligisten 1. FC Saarbrücken. Ferner hatte die FCS-Profis bereits zum Ende der Zweitligasaison 1990/91 trainiert. Bei seinem zweiten Engagement als Cheftrainer folgten gleich zwei Aufstiege: zunächst von der Oberliga Südwest in die Regionalliga West und von dort erstmals in die eingleisige 3. Liga. Ferner wechselte im Juli 2010 auf den Posten des Sportlichen Leiters beim FCS. Nach Trainerstationen in Neunkirchen und Friedrichsthal kehrte Ferner zum FCS als Fußballabteilungsleiter und Scout zurück. Bis Juni 2021 war Ferner fünf Jahre Vizepräsident des FCS.

Jürgen Luginger trat im Juli 2010 das sportliche Erbe von Dieter Ferner als neuer FCS-Coach an. Dreimal konnte Luginger den FCS in der 3. Liga halten (6., 10. und 11. Platz). In der Saison 2013/14 schaffte der FCS unter ihm sogar eine Pokal-Sensation: Gegen den Bundesligisten Werder Bremen gab es in der 1. Runde einen 3:1-Sieg nach Verlängerung. Der Ludwigspark tobte. Nach einem Fehlstart in der 3. Liga war für Luginger jedoch im September 2013 als FCS-Trainer nach sieben Spieltagen Schluss. Seit Juli 2020 ist Luginger zurück beim FCS: als Sportdirektor.

Für zwei Drittliga-Partien sprang als Interimslösung der frühere Bundesligaspieler des FCS und bisherige Trainer der Reservemannschaft, Bernd Eichmann, im September 2013 ein. Unter Eichmann gab es in der 3. Liga eine 0:2-Niederlage bei Jahn Regensburg und ein 1:1 gegen den Chemnitzer FC.

Noch im September 2013 stellte der FCS Milan Sasic als neuen FCS-Trainer vor. Im DFB-Pokal erreichte Sasic nach einem Sieg gegen den SC Paderborn das Achtelfinale. Dort war gegen Borussia Dortmund Schluss. Mittels zahlreicher Neuverpflichtungen sollte der FCS aus der Abstiegszone der 3. Liga herauskommen, was aber misslang. Nach dem Absturz auf den letzten Tabellenplatz trat Sasic im Februar 2014 zurück. Später bekam er einen neuen Posten: Von Juli 2015 bis April 2016 war Sasic Geschäftsführer Sport beim FCS.

Im Februar 2014 setzte der FCS wieder auf den bisherigen Co-Trainer, in diesem Fall auf Fuat Kilic. Auch er konnte den Abstieg des FCS aus der 3. Liga nicht verhindern. Als Tabellenletzter ging es für die Blau-Schwarzen in die viertklassige Regionalliga Südwest. Der direkte Wiederaufstieg in die 3. Liga gelang auf dramatische Weise nicht: Als Tabellenzweiter nach 34 Spieltagen scheiterte der FCS in den beiden Aufstiegsspielen an den Würzburger Kickers letztlich im Elfmeterschießen. Nach dem verpassten Aufstieg trennten sich im Juni 2015 die Wege des FCS und seines Trainers Fuat Kilic.

Der nächste Hoffnungsträger auf der Trainerbank des FCS war ab Juli 2015 Falko Götz. Der frühere FCS-Kicker sollte die Blau-Schwarzen zurück in die 3. Liga führen. Doch nach einer 1:2-Niederlage am 20. Spieltag bei Wormatia Worms verließ Götz den Tabellenfünften der Regionalliga Südwest im März 2016 überraschend.

Für den Rest der Saison schloss der bisherige Co-Trainer und Ex-FCS-Spieler, Taifour Diane, ab März 2016 die Trainer-Lücke beim Regionalligisten. Am Saisonende landete der FCS unter ihm allerdings nur auf Rang sieben. Diane musste seinen Platz freimachen und übernahm stattdessen ab Juli 2016 die FCS-Damenmannschaft.

Zur Saison 2016/17 heuerte Dirk Lottner beim Viertligisten 1. FC Saarbrücken an. In seiner ersten Saison wurde Lottner Tabellendritter der Regionalliga Südwest und verpasste somit die Aufstiegsränge. 2017/18 wurde der FCS unter Lottner Meister der Regionalliga Südwest, unterlag allerdings in der Aufstiegsrunde zur 3. Liga 1860 München. In der Regionalligasaison 2018/19 zerplatzten erneut alle Aufstiegsträume: Der FCS wurde nach 34 Spieltagen nur Tabellenzweiter. In der Saison 2019/20 feierte der FCS unter Lottner nach Siegen gegen Jahn Regensburg und seinen Herzensclub, den 1. FC Köln, den Einzug ins DFB-Pokal-Achtelfinale. Nach 19 Spieltagen in der Regionalliga war der FCS zwar Tabellenführer, wusste aber spielerisch nicht zu überzeugen. Eine 0:1-Niederlage beim TSV Steinbach Haiger besiegelte das Ende der Zusammenarbeit zwischen dem FCS und Lottner im Dezember 2019.

Als Interimslösung für eine Regionalligapartie sprang im Dezember 2019 dieses Mal der Sportliche Leiter Marcus Mann ein. Unter dem früheren FCS-Profi feierten die Blau-Schwarzen einen 7:0-Heimerfolg gegen Rot-Weiß Koblenz. Mann kehrte anschließend wieder auf seinen Posten zurück. Im Juli 2020 wechselte Mann schließlich zur TSG Hoffenheim, dort wurde er Leiter der Nachwuchsabteilung. Im Juli 2021 trat er seinen jetzigen Job als Sportdirektor beim Zweitligisten Hannover 96 an.

Im Januar 2020 nahm der FCS Trainer Lukas Kwasniok unter Vertrag. Er sollte die Blau-Schwarzen nach sechs Jahren Abstinenz endlich wieder in die 3. Liga führen. Wegen der Corona-Pandemie wurde die Regionalligasaison im März 2020 zunächst unterbrochen und im Mai 2020 sogar abgebrochen. Als Tabellenführer nach 23 Spielen und unter Anwendung der Quotientenregel wurde der FCS als Meister der Regionalliga Südwest gekürt. Der Aufstieg in die 3. Liga war perfekt. Zudem sorgte der FCS unter Kwasniok im DFB-Pokal für Furore: Nach Siegen gegen den Karlsruher SC und Fortuna Düsseldorf zogen die Blau-Schwarzen als erster Viertligist überhaupt ins Halbfinale des DFB-Pokals ein. Dort war dann gegen Bayer Leverkusen Schluss. In der Saison 2020/21 begeisterte der FCS als Aufsteiger in der 3. Liga und erreichte am Ende Platz fünf – die beste Platzierung in der noch jungen Drittliga-Geschichte der Malstatter. Zur neuen Saison wechselte Kwasniok im Juli 2021 zum Zweitligisten SC Paderborn.

Im Juli 2021 ging es in der 3. Liga mit dem neuen Trainer Uwe Koschinat weiter. Er sollte mit dem FCS im Aufstiegsrennen oben mitmischen. Am Ende reichte es allerdings nur für Rang sieben. Auch in seiner zweiten Saison beim FCS waren die Ziele hoch gesteckt, doch Koschinats Team wusste weder mit der Punktausbeute, noch mit der Spielweise zu überzeugen. Nach einer 0:1-Derbyniederlage bei Waldhof Mannheim musste Koschinat den Tabellenachten der 3. Liga nach elf Spieltagen im Oktober 2022 verlassen.

Eigentlich im September 2022 als Manager verpflichtet, nahm Rüdiger Ziehl im Oktober 2022 zunächst als Interimslösung angedacht auf der FCS-Trainerbank Platz. Weil Verhandlungen mit anderen Trainerkandidaten scheiterten und Ziehl den FCS nach 17 Spieltagen in der 3. Liga auf einen Aufstiegsplatz führte, soll er die Blau-Schwarzen nun bis zum Saisonende weiter trainieren.