An der von ihm geleiteten Klinik für Kinder- und Jugendpsychiatrie soll es zu sexuellen Übergriffen durch den Assistenzarzt Matthias S. gekommen sein. Sein Dienstherr warf von Gontard vor, er habe es „pflichtwidrig unterlassen“, minderjährige Patienten durch „geeignete Maßnahmen“ zu schützen. Zwar ergaben die Ermittlungen aus Sicht der Staatskanzlei eine „fahrlässige Verletzung beamtenrechtlicher Pflichten“ durch den mittlerweile pensionierten Hochschullehrer.