Die Bahnen stießen gegen 16.35 Uhr in der Nähe des Bahnhofes Ebenhausen-Schäftlarn zusammen. Die Ursache war zunächst noch völlig unklar. Nach ersten Erkenntnissen waren die beiden Züge südlich von München in entgegengesetzter Fahrtrichtung unterwegs.

In dem Bereich des Zusammenstoßes ist die Bahnstrecke eingleisig. Warum beide Züge gleichzeitig auf der Strecke gefahren seien, sei Gegenstand der Ermittlungen, erläuterte Franken. Das Polizeipräsidium arbeite dabei mit der Bundespolizei zusammen. Die Bahnsicherheit liegt üblicherweise im Zuständigkeitsbereich der Bundespolizei.

Die Fahrgäste wurden aus den Zügen geborgen. Ein Großteil von ihnen wurde zur weiteren Betreuung ins Kloster Schäftlarn gebracht. Die Identität des tödlich verletzten Opfers stand zunächst nicht fest. Die Feuerwehr berichtete, dass es sich um einen Fahrgast handele. Über die Schwere der Verletzungen bei den anderen Opfern gab es ebenfalls keine genauen Informationen.

Laut Polizeisprecher Franken ist einer der Züge wohl entgleist, beide Bahnen stünden aber noch aufrecht. Für die Bergungsarbeiten und die Ermittlungen waren rund 130 Polizisten und zahlreiche Feuerwehrleute vor Ort.

Der Bahnhof liegt an der Strecke der S7 nach Wolfratshausen. Die Deutsche Bahn (DB) hatte als Betreiber der S-Bahn zunächst per Twitter mitgeteilt, dass in dem Bereich zwischen Ebenhausen-Schäftlarn und Baierbrunn „Gegenstände auf der Strecke“ seien. Später wurde mitgeteilt, dass wegen eines Rettungsdienst- und Polizeieinsatzes die Strecke gesperrt sei und ein Schienenersatzverkehr mit Bussen eingerichtet worden sei.