Was als Reformation Martin Luthers bezeichnet werde, sei in Wirklichkeit eine Revolution und „wider den Heiligen Geist“ gewesen, schrieb Müller für die katholische Internetseite „La Nuova Bussola Quotidiana“. Luther habe nicht nur Missstände in der Kirche kritisieren wollen, sondern „sämtliche Prinzipien des katholischen Glaubens hinter sich gelassen“. Oft werde „zu enthusiastisch“ von Luther gesprochen – aus Unkenntnis seiner Theologie, seiner Polemik und der „desaströsen Folgen dieser Bewegung“, die die Einheit der Kirche zerstört habe.