Das Bauvorhaben des Erzbistums Berlin gilt als umstritten, weil es vorsieht, die zentrale Bodenöffnung mit Freitreppe zur Unterkirche zu schließen. Der renommierte Architekt Hans Schwippert hatte diese Raumfassung beim Wiederaufbau der kriegszerstörten Bischofskirche 1960 angelegt. Nach dem erstplatzierten Wettbewerbs­entwurf soll stattdessen der Altar ins Zentrum des Rundbaus rücken. Laut Position der Kirche würde damit Vorgaben zur Gottesdienstfeier gefolgt. Kritiker wenden ein, dass die Innengestaltung denkmalwürdig sei und eine Sanierung ausreiche.