Um die Schädlinge zu erkennen, sollte der Scanner immer so eingestellt sein, dass er Dateien, die neu auf den Computer kommen, automatisch überprüft. Zusätzlich sollten Nutzer das Programm jedoch regelmäßig einen Komplettscan des Systems machen lassen.

Seit Windows 8 hat Microsoft sein Antiviren-Programm "Security Essentials" direkt in das Betriebssystem integriert und liefert dem Anwender damit einen Basisschutz. Zudem bietet fast jeder Hersteller von Virenscannern eine kostenlose Variante seines Programms mit eingeschränkten Funktionen an. Die Experten raten aber zu kostenpflichtigen Vollversionen. Der Grund: Ein Virenscanner kann immer nur die Schädlinge entdecken, die er kennt. Dieses Wissen bekommt er ständig neu beigebracht, in Form von Updates des Herstellers - die dieser mehrmals am Tag bereitstellen sollte. Doch genau das ist bei den kostenlosen Versionen selten der Fall. Hier dauert es oftmals zu lange, bis die Hersteller nach Bekanntwerden eines Schädlings ihr Programm anpassen.

Findet der Scanner ein Virus, verschiebt er die Datei in die sogenannte Quarantäne, um zu vermeiden, dass diese geöffnet und das Virus aktiviert wird. Ist das passiert, nützt auch der beste Virenscanner nichts mehr: Einem System, auf dem ein Virus aktiv war, sollte man nicht mehr vertrauen, so Pfaff. In solchen Fällen sei eine Neuinstallation des Betriebssystems ratsam.